納稅義務人申報時的戶籍，在什麼地方，就向什麼地方的國稅局申報，或請掛號郵寄戶籍地之國稅局 所屬分局、稽徵所申報，也可就近向當地國稅局申報。

綜合所得稅包括營利所得、執行業務所得、薪資所得、利息所得、租賃所得及權利金所得、自力耕作漁牧林礦 所得、財產交易所得、競技競賽及機會中獎之獎金或給與、其他所得等各類所得。納稅義務人本人及其配偶 ，及受扶養的親屬，全年所取得的上列各類所得的合計，就是綜合所得稅總額。

一般扣除額：可分舉列扣除額及標準扣除額兩種，由納稅義務人任擇一種，但不得兩者並採。

1. 列舉扣除額：下述各種費用在本年度發生並檢附合法的收據，證明、證據等，又不超過法定限額部分等，就可以從綜合所得稅總和申報扣除。
   1. 捐贈：對合於民法總則公益社團及財團法人組織或一其他關係法令，經向主管機關登記或立案成立之教育、 文化、公益、慈善機關或團體的捐贈，應檢附受贈單位開立之收據正本。
   2. 保險費：納稅義務人本人、配偶和申報扶養直系親屬的人身保險（含勞公保險、軍公教保險及其眷保、 農保、學生平安保險、全民健康保險之保險費。被保險人與要保人應在同一申報戶內，但每人每年扣除額數 不超過兩萬四千元為限，應檢附繳納保險費之收據正本。
   3. 醫藥及生育費：納稅義務人本人、配偶或受扶養親屬的醫藥和生育費用，以付與公立醫院、公務人員保險 特約醫院，勞工保險特約醫療院、所、全民健康保險特約醫院急診所或經財政部認定其會計紀錄完備正確之 醫院為限，申報時應檢附填具抬頭之單據正本。
   4. 災害損失：稅義務人本人及其配偶與扶養親屬招受不可抗拒的災害。
2. 標準扣除額：經納稅義務人選定填名適用標準扣除額，或於結算申報書中未列舉扣除額亦未填名適用 標準扣除額而被視為已選定適用標準扣除額者，於其結算申報案件經稽徵機關核定後， 不得要求更變適用列舉扣除額。

1. 薪資所得特別扣除額：每人扣除六萬元，申報之薪所得未達六萬元，則就薪資所得全部扣除。 應檢附公職候選人競選經費受贈收據，應檢附政黨受贈收據，應檢附經選舉委員會之競選經費 收支結算表影本及經費支出憑據影印本或證明文件，以供查核。
2. 財產較易損失扣除額：納稅義務人本人及其配偶，及受扶養親屬的財產交易損失，可檢附有關證明損失之文 據申報扣除，但申報扣除之額數，以不超過當年申報之財產交易所得為限。
3. 儲蓄投資特別扣除額： 納稅義務人及其合併申報之配偶暨授其扶養親屬有：
   1. 公債、公司債、金融債券、金融機構之存款之利息。
   2. 屬於儲蓄性質信託資金之收益。
   3. 公司公開發行並上市之記名股票之股利。
      以上合計全年不超過二十七萬元者，得全數扣除，超過二十七萬元者，以二十七萬為底限。
4. 殘障特別扣除額： 納稅義務人本人、配偶暨授其扶養親屬領有殘障手冊之殘障者，每人可減除七萬兩千元。
5. 教育學費特別扣除額： 納稅義務人申報扶養之子女就讀學歷經教育不認可之大專以上院校之子女教育學費，每一申報戶每年 得扣除兩萬五千元。

個人原始認股或應幕政府指定之重要科技、重要投資事業或創業投資事業，因創立或擴充而發行之記名股票， 持有時間達二年以上者。

所繳納該財產交易所得部分之綜合所得稅額，自完成轉移登記之日起二年內，如重購自用住宅隻房屋，其價額超過元出售原價額者，申請自其應納綜合所得稅額中扣抵或退還，先購後受者亦適用之。